Masarykova univerzita uzavřela s Koordinační odborovou radou MU novou kolektivní smlouvu platnou pro rok 2006. Tato smlouva upravuje vztahy mezi zaměstnavatelem a zaměstnanci pro celou Masarykovu univerzitu a je nadřazená fakultním kolektivním smlouvám. Práva na vytvoření vlastní doplňující kolektivní smlouvy využívá i nadále pouze Lékařská fakulta.
Kolektivní smlouva se změnila v několika oblastech. Došlo k průměrnému zvýšení mezd o jedenáct procent s tím, že nejvýraznější zvýšení mezd bude ve dvou nejnižších tarifních třídách (Asistent I a II), a to o zhruba dvaadvacet procent. Bylo zvýšeno odstupné při zkrácení výpovědní lhůty – zaměstnancům bylo upraveno odstupné při rozvázání pracovního poměru dohodou tak, že výše odstupného se bude odvíjet od data, k němuž zaměstnanec přistoupí na rozvázání pracovního poměru. Dále byla zajištěna bezhotovostní výplata mzdy a rozšířily se formy stravování o restaurační zařízení na základě poskytování stravenek zaměstnavatelem. Zvýšila se také maximální i minimální výše odměn při životním jubileu (50 let) a odchodu do důchodu a byl vytvořen sociální fond, z nějž půjdou příspěvky na penzijní připojištění zaměstnanců. Poslední změnou je příslib bezplatného pronajímání Univerzitního klubu sídlícího v prostorách rektorátu fakultním klubům důchodců, které sdružují bývalé zaměstnance MU.
Novou kolektivní smlouvu je možné nalézt na stránkách http://inet.muni.cz/ v sekci Personalistika a mzdy MU.