Prototyp počítačové infrastruktury pro sdílení výsledků výzkumu rakoviny představili odborníci z Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity. Od února totiž řeší projekt financovaný z evropského programu Horizont 2020, který má zajistit sdílení výsledků na nejrůznějších úrovních, což by mělo vést k urychlení nalezení těch nejvhodnějších léčivých látek.
Výzkumem lidské nádorové tkáně se na různých místech Evropy a světa zabývá řada odborníků. Dříve pracovali jen se svými vlastními daty a chyběla jim možnost výsledky snadno sdílet a porovnávat s ostatními. Právě proto se v poslední době dalo dohromady 19 vědeckých organizací, které postupně začínají spolupracovat, což znamená nastavovat stejné systémy v laboratořích a sdílet to, na co přijdou.
K tomu jim pomůžou propojené softwarové systémy vyvíjené v projektu s označením EDIReX. „Je to jedna z důležitých částí, nejde ale jen o ni. Počítá se totiž nejen s výměnou informací, ale na jejím základě i s vyměňováním fyzických vzorků nebo dokonce laboratorních zvířat,“ uvedl Aleš Křenek, který klíčovou počítačovou aktivitu projektu vede.
Spolu s kolegy vytváří cloudový systém vzájemně propojených služeb a softwaru s možností nejrůznějšího zpracování a vyhledávání v datech. „Všechno se buduje s důrazem na snadné sdílení dat a zjednodušení práce, aby odpadlo například neustálé přeposílání si excelových tabulek v různých formátech,“ ilustruje Křenek.
Celá infrastruktura je zaměřená na takzvané PDX modely (Patient Derived Xenogra ) neboli výsledky laboratorního testování nádorové tkáně pěstované na myších. Těch by mělo být až 1500 pro 30 různých typů rakoviny.
„Mimo jiné to je důvod, proč obdobný projekt musel vzniknout. Různých laboratoří, které mají k dispozici dílčí výsledky, je řada, žádná ale není sama o sobě schopná dosáhnout dostatečně zobecnitelných výsledků. Teď by to mělo být možné,“ popisuje Křenek, proč stojí jednotlivým laboratořím za to spojit se, ačkoliv jindy spolu spíš soutěží kvůli množství publikací a zisku peněz na vlastní fungování.
Konkrétně u systému, který se v projektu vyvíjí, se ovšem počítá i s tím, že pokud budou jednotlivé laboratoře chtít vytvořit menší skupiny pro práci na specifických projektech, bude výsledné technické řešení kopírovatelné, aby si mohly týmy vytvořit IT prostředí jen pro sebe.
Za celým projektem stojí konsorcium laboratoří, které s nápadem přišly, aby se s výzkumem posunuly dál, než bylo dosud možné. Dotovaný je částkou pět milionů eur a počítá se s tím, že po dobudování všech jeho částí by mělo být možné přijímat další instituce, aby mohla práce vědců postupovat ještě rychleji a dostali se k ní další odborníci.
